Ubicación:
San Rafael se encuentra ubicada al sur de la Provincia de Mendoza a 34º 15´a 36º latitud sur y 70º 10´a 66º 55´ longitud oeste. Posee una superficie aproximada de 31000 Km2. y Limita al Norte con los departamentos de San Carlos, Santa Rosa y La Paz, al este con la Provincia de San Luis y el departamento de General Alvear, Al Oeste con la República de Chile y al Sur con la Provincia de La Pampa y con el Departamento de Malargüe.

Relieve:
Desde oeste a este el relieve departamental está conformado por cuatro unidades geomorfológicas:a) La Cordillera principal, correspondiente a una formación terciaria elaborada sobre sedimentos mesozoicos. En este sector la cordillera de los Andes se presenta con alturas medias menores al resto de la provincia. b) La Depresión de los Huarpes tiene unos trescientos Kilómetros de largo por cincuenta de ancho. Esta unidad estructural de aspecto llano, ha sido rellenado por sedimentos cuaternarios de distintos orígenes, volcánicos, eólicos, fluviales, lacustres, etc. c)El Bloque de San Rafael se desarrolla en el área central del departamento. Es una zona baja, plana y con orientación norte - sur, sumamente erosionada y con acumulación de sedimentos en las áreas deprimidas. d) La Llanura de la Travesía, al igual que la formación anterior, constituye una zona deprimida, plana y ocupa el sector oriental del Departamento. También erosionada por diversos ciclos climáticos. La característica general de la zona es árida con excepción del oasis cultivado.

Hidrografía:
El área se encuentra surcada por dos importantes ríos como son El Diamante cuyo caudal promedio es de 65 m3/sg. y el Río Atuel, cuyo caudal promedio es de 60 m3/sg. Sobre éstos el hombre ha realizado obras de ingeniería importantes, los diques Valle Grande, El Nihuil, Los Reyunos, Agua del Toro, El Tigre y Galileo Vitale. Estas represas se utilizan para el regadío de cultivos, el consumo humano y son generadoras de energía hidroeléctrica.