Por sus características climáticas, eL departamento de San Rafael puede dividirse en 3 grandes sectores. La zona cercana a la Ciudad posee grandes amplitudes térmicas entre el verano y el invierno pero la termperatura media anual es de casi 15ºC.
Estas temperaturas junto con una precipitación anual de 350 milímetros y una gran evapotranspiración provocan un balance negativo, que sumados a una gran influencia del viento del este en el verano definen al clima de esta región como templado semi árido.
Este clima brinda excelentes condiciones para las actividades agrícolas y los desarrollos turísticos, principales actividades económicas de la región.
En la Depresión de lo Huarpes, en cambio la influencia de las masas de aire del Norte y del Sur es notable, por lo que en invierno las temperaturas bajan notablemente, aunque el verano es un breve período que se reconoce porque no hay presencia de heladas. En consecuencia el clima de esta zona lo podemos definir como templado semiárido con tendencia al frío.
En la zona de la cordillera, las temperaturas medias oscilan los 6ºC con una mínima absoluta de -25ºC. Los vientos del Oeste hacen sentir sus fuerzas y son los responsables de los 950 mm de precipitaciones anuales, de los cuales la mayor parte son en forma de nieve. El clima por lo tanto es frio nival, con nevagas en invierno, las que se acumulan en las cimas montañosas originando masas de hielo.

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