Vitivinicultura
La vitivinicultura es la actividad económica más tradicional de la región.
San Rafael cuenta con más de 20.000 hectáreas implantadas con vid.
Más del 90 % de la producción vitícola se destina a la elaboración de vinos.
Las bondades del suelo y el clima sanrafaelinos se adaptan especialmente para la producción de uvas finas.
Entre las variedades cultivadas podemos destacar las tintas Bonarda, Fer, Malbec, Tempranilla, Saugiovese, Syrah, Cabernet Sauvignon, Merlot, las blancas Pedro Gimenez, Chenin...
Más de 50 bodegas se albergan en la zona, entre las que se cuentan muchas bodegas centenarias con perfil exportador.
Muchos de estos establecimientos son conocidos y reconocidos mundialmente por la elaboración de vinos finos.
En la actualidad, se destaca la producción de vinos chispeantes y champaña.

Fruticultura
San Rafael es la primera zona frutícola de la provincia de Mendoza.
Más de 23.000 hectáreas conforman la superficie implantada con frutales.
Entre los frutos, podemos destacar la producción de ciruelas, duraznos, peras, damascos, aceitunas y membrillos.
Las buenas condiciones de producción logradas permiten su industrialización y transporte.
Mendoza es una de las cinco zonas en el mundo que se caracterizan por la calidad de las ciruelas D'agen, siendo San Rafael el departamento que más se destaca por el alto tenor azucarino de la producción.
Inversionistas locales y extranjeros han apostado con éxito al rubro olivícola, instalando grandes emprendimientos productivos.
En la actualidad, el desarrollo de productos orgánicos ha recibido un fuerte impulso.
Hay que destacar que el propicio ámbito agroclimático, la incorporación de tecnología y el calificado recurso humano con que cuenta el Departamento se traducen en excelente calidad y mejor rendimiento de las actividades agrícolas en general.

Ganadería
San Rafael posee más del 30% de la superficie provincial - 600.000 hectáreas aproximadamente - apta para la cría en secano de ganado bovino.
La producción de bovinos conforma el 35% del total provincial.
Las pasturas naturales permiten la producción de crías a muy bajos costos.
Además existe la infraestructura necesaria para producir pastura bajo riego.
Desde el Gobierno de Mendoza se incentiva fuertemente a la actividad ganadera a través de un subsidio al kilo de carne producido en la Provincia.

Minería
En una basta zona denominada "patagonia mendocina" se desarrolla la producción de rocas de aplicación, principalmente piedras lajas, variedades de mármol onix, tavertino y aragonita y pequeñas explotaciones de caolín, piedras de afilar y bentonita.
En San Rafael se asienta la explotación de Las Salinas del Diamante, única en la provincia.

Agroindustria
San Rafael se destaca por la elaboración de productos alimenticios y bebidas.
Cuenta con una importante infraestructura de hornos para desecado de frutas, bodegas, fábricas de conservas, encurtidos, jugos, pulpas, aceite de oliva, ajo líquido, sidra, y embotelladoras de agua mineral.
En los últimos años, muchos de los elaboradores de productos frutícolas comercializan en los mercados tradicionales (Brasil, Estados Unidos, Europa ).